- Sekretariat Jenderal
- Direktorat Jenderal Pendidikan Islam
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katholik
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu
- Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Budha
- Direktorat Jenderal Penyelenggaraan Haji dan Umroh
- Inspektorat Jenderal
- Badan Litbang dan Diklat